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기존 종합과학관 시설(A,B,C동)은 건립시기의 차이와 그 공간을 점유하는 연구자의 독립성을 확보하기 위하여 연접한 위치에도 불구하고 연결은 최소로 이뤄져 있었다. 최초 계획 대상지는 기존 종합과학관 사이의 협소한 사이트에 계획되었고, 독립적인 기존의 건물과의 연계는 고려되지 않은 상태였으며, 구릉지 상부에 위치, 오래된 수목이 군락을 이루고 있어 새로 계획되는 D동에 의한 훼손이 불가피한 상황이었다. 따라서 구릉지 상부 계획 규모를 축소하고, 기존 계단과 연결다리의 경사지에 순응하는 테라스형 건물을 계획하였다. 종합과학관 D동은 학문간 융합이라는 과학계의 변화 및 기존 가치와 새로운 가치가 서로 상충되지 않으면서 공존할 수 있는 디자인을 제안하였으며, 건축주의 프로그램 요구사항을 충족함과 동시에 단절된 기존 건물의 얼개를 재구성하였다. 서울시 건축상 우수상으로 선정된 이 작품은 2009년 설계하여 2012년 완공되었다.